本署組織架構：署長─副署長─主任秘書─庫務管理組─支付管理組─債務管理組─財務規劃組─公股管理組─菸酒管理組─秘書室─人事室─政風室─主計室─資訊室
- 庫務管理組
- 國庫制度之規劃及庫政之督導。
- 地方公庫行政之督導。
- 國庫機關專戶制度之規劃及專戶之管理。
- 出納管理手冊及出納內控共通性作業規範之研修及解釋。
- 中央政府總預算、追加預算、特別預算財源之籌劃。
- 國庫財務調度事項。
- 支付管理組
- 國庫撥付有關預算與支付法案之建立及管制。
- 支用機關資料之建立及管理。
- 電子支付作業之推動、憑證審核及管理。
- 庫款動支日期之研議與支付憑證之收件、審核及控管。
- 簽證人員簽證資料之保管、驗對、更換及管理。
- 國庫支票印製、保管、簽發、審核及寄發之管理。
- 匯款資料簽發、審核及更正之處理。
- 匯撥基金調度、匯款資料傳送及存帳業務管理。
- 金融機構資料之建置及維護。
- 債務管理組
- 公共債務制度之規劃、法規修正及解釋。
- 地方公共債務之督導及考核，並定期綜計彙編公布各級政府債務資訊。
- 中央公債與國庫券之規劃、發行、宣導、管理及年度預算籌編。
- 中央政府中長期與短期債務之規劃及舉借。
- 中央政府債務基金與地方建設基金之運作管理。
- 債務還本付息及手續費之核撥，債務備用票及樣張、暗記之保管。
- 付訖債票之核結、抽查及銷燬。
- 逾期債票、債票遺失及大陸時期舊債清償案件之處理。
- 財務規劃組
- 強化政府重大公共建設財務規劃事項之核議。
- 政府重大公共建設個案計畫之會核。
- 行政院各部會中程施政計畫、公共建設及社會行政發展計畫先期作業之會核。
- 稅課收入劃分制度之研議。
- 中央統籌分配稅款之核算及撥付。
- 地方財政收入業務之輔導及會核。
- 公益彩券發行制度之規劃及管理。
- 公益彩券盈餘之分配運用及監督。
- 社會福利等支出法案之會核。
- 公股管理組
- 公股股權管理制度、規範訂修之研擬。
- 公股董(理)監事之核派或薦派、解任及考核。
- 公股事業(不含國營事業)負責人、總經理人選之簽報及協調。
- 財政部所屬國營事業年度工作考成之評核。
- 關於特種基金年度預算審議之會核。
- 行政院公營事業民營化基金之管理及運作。
- 規費法規之擬訂、修正、解釋及中央政府各機關學校規費收費標準之審查。
- 中央政府罰(賠)款、規費、財產及其他收入年度預算編列之審核。
- 菸酒管理組
- 菸酒管理法規之訂定、修正及解釋之研議。
- 優質酒類認證制度之推行及業者之輔導。
- 進口酒類之查驗。
- 菸酒涉外事務及綜合性國際經貿事務之研議。
- 菸酒製造業與進口業執照之核發、換發及違規裁罰之擬議。
- 菸酒查緝之規劃、督導及協調。
- 秘書室
- 文書業務處理。
- 檔案管理。
- 出納及財產等管理。
- 採購等事務管理。
- 研考及新聞聯繫業務。
- 國會聯絡及監察院考核業務。
- 本署年報及業務統計彙編。
- 內部控制及個人資料保護制度之擬訂。
- 人事室
- 組織編制、任免遷調、考核獎懲、訓練進修、待遇福利、退休撫卹、人事服務。
- 政風室
- 防貪、肅貪工作與其他綜合、維護業務。
- 主計室
- 本署歲計、會計及統計事項。
- 本署管理之非營業特種基金預算及會計。
- 國債、國庫出納之特種公務會計。
- 國庫支付會計。
資訊室
- 本署資訊應用服務策略之規劃及協調推動。
- 本署資訊應用環境之規劃及管理。
- 本署資通安全之規劃及推動。