財政部國庫署(以下簡稱本署)為財政部之直屬機關，職司國庫收支及管理有關事項，並辦理政府債務管理、財務規劃、菸酒管理、公益彩券、規費及公股管理等相關業務，在國家施政推動上扮演重要積極角色。

　　配合行政院組織調整，本署於102年1月1日與財政部臺北區支付處組織整併，依「 財政部國庫署組織法」、「財政部國庫署處務規程」、「財政部國庫署編制表」等規定辦理國庫及支付業務，下設庫務管理組、支付管理組、債務管理組、財務規劃組、公股管理組、菸酒管理組等6組；另設秘書室、人事室、主計室、政風室及資訊室等5室 。 

　　溯自民國初年，中央政府即設有財政部，直隸屬於大總統，為全國財政之最高機關。財政總長之下設有國庫、公債、賦稅、錢法、會計5司；北京政府財政部頒布官制，改國庫司為庫藏司、改錢法司為錢幣司；庫藏司掌理國庫資金運用及國庫出納管理等事項。 

　　國民政府奠都南京後，於民國17年12月8日制定公布財政部組織法，設有2署6司3處，國庫司掌理國資運用、撥款命令複核、基金保管及國庫出納管理等事項。民國29年3月26日國民政府修正公布財政部組織法，改設3署5司2處，國庫司升格為署，同日公布本署組織法，下設4科1室：1科掌理公庫制度之擬訂審核、解釋事項以及一般秘書業務；2科掌理國庫收入之考核及報告事項；3科掌理國庫支出之考核、報告事項以及中央各機關特種基金之核撥事項，4科掌理中央政府特種基金收入之考核事項；會計室掌理本署經費之歲計會計及統計事項。 民國31年2月10日國民政府修正公布本署組織法，擴大編制，設有6科2室：1科掌理公庫制度之規劃事項；2科掌理國庫收入之考核事項；3科掌理國庫支出之考核事項；4科掌理地方政府歲出之核計及報告事項；5科掌理特種基金之管理，國有財產收支之考核等事項；6科掌理債款、債券及捐款之考核及報告事項；統計室掌理國庫及縣市庫收支之統計事項；會計室掌理本署經費之歲計會計及國庫之統制會計事項，民國70年7月22日總統公布修正本署組織條例規定設4個業務組及3個行政室（秘書、人事、會計） 。