我國集中支付制度之研議，早在民國47年時，由前「總統府臨時行政改革委員會」著手進行，期間經行政院院會決議「從長計議」。直至民國59年國庫法修正案經立法院三讀通過，奉　總統頒布實施，行政院乃決定就中央機關分期實施國庫集中支付制度，同年10月1日正式成立「臺北區支付處」，掌理中央政府各機關集中支付業務，包括支付業務規劃、預算管制、支票簽發、匯款撥付及支付編報等事項。
民國88年7月配合精省政策，將原省屬機關、學校納入作業範圍；又為貫徹集中支付精神， 94年7月實施國防經費第二階段作業。復於102年1月1日配合政府組織改造，整併為國庫署支付管理組，服務範圍涵蓋總統府、五院、各部、會、局、署等，位於臺、澎、金、馬之700餘個中央政府機關。