各機關將付款憑單或轉帳憑單等資料，透過網路連線傳送至國庫電子支付系統，並藉由數位發展部憑證管理中心所提供之電子支付卡予以簽證，轉換成電子支付文件，經國庫署核驗程序，據以辦理庫款支付。

國庫署依據各機關傳送之電子支付文件，以扮演金融機構角色與財金資訊股份有限公司跨行通匯連線，將款項直接撥存受款人帳戶，或以簽開國庫支票方式交付受款人。