第一科：國（公）庫制度之管理 
第二科：中央政府庫款支出之監督 
第三科：中央政府總預算及特別預算之歲入財源籌 
　　　　措與國庫資金調度 
第四科：國庫業務資訊規劃、推動與管理 

第一科：公股管理 
第二科：公股管理 
第三科：基金業務 
第四科：規費業務

第一科：各級政府債務管理法規訂定與督導 
第二科：中央政府建設公債發行資訊及標售概況 
　　　　 
　　　　中央政府一年期以上債務未償餘額資訊 
第三科：國庫券發行資訊及公債還本付息資訊提供 

第二科：各級政府財政收支劃分之研擬 
第三科：公益彩券發行管理運用之監督

第一科：菸酒管理法相關法規之解釋 
第二科：進口酒類衛生查驗申請業務 
第三科：菸酒製造、進口許可執照申請業務

第一科：菸酒查緝 
第二科：地方建設基金、地方債務資訊系統、專賣時期未了案件 
第三科：菸酒查緝、行政業務

組織編制、任免遷調、考核獎勵、訓練進修、待遇福利、退休撫卹、人事服務

預（決）算編製及特種公務會計（國庫出納及公共債務會計）等相關業務

本署政風法令之擬定與宣導 
本署員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項 
本署機關安全及公務機密維護事項

印信典守、事務及文書檔案管理 
研考、新聞聯繫、國會聯絡