本署為財政部之直屬機關，並兼負幕僚之責，財政部臺北區支付處業務受本署之督導。另為辦理歲入、歲出預決算之籌編與執行，本署分別與行政院主計處及審計部保持協調聯繫。至於國庫收支及管理，本署督導臺北區支付處辦理經費支付並與國庫代理機關中央銀行有密切的業務聯繫。  
 
本署置署長、副署長及主任秘書，下設五組四室，各司其職。第一組負責公產、公庫行政、中央經費、資訊。第二組主管中央及地方歲入預算、國庫投資、基金及規費。第三組主管公債法制、公債發行、公債核銷及外債。第四組承辦經建計畫、地方財政、公益彩券、社會福利及保險。第五組主管菸酒有關業務。另設人事、會計、政風及秘書室。 
 
八十八年七月一日依行政院核定之台灣省政府功能業務與組織調整原則，本署承受隨業務移撥原財政廳之省級公務人員更名為財政部中部辦公室(國庫業務)於原址辦公，下設四科掌理地方公庫之輔導、監督，地方重大施政財務計畫之輔導監督，地方公共債務之輔導，地方財政業務之督導考核，基金預算執行之監督查核，基金調度及運用及菸酒查緝案。

溯自民國初年，中央政府即設有財政部，直隸屬於大總統，為全國財政之最高機關。財政總長之下設有國庫、公債、賦稅、錢法、會計5司；北京政府財政部頒布官制，改國庫司為庫藏司、改錢法司為錢幣司；庫藏司掌理國庫資金運用及國庫出納管理等事項。 
國民政府奠都南京後，於民國17年12月8日制定公布財政部組織法，設有2署6司3處，國庫司掌理國資運用、撥款命令複核、基金保管及國庫出納管理等事項。民國29年3月26日國民政府修正公布財政部組織法，改設3署5司2處，國庫司升格為署，同日公布本署組織法，下設4科1室：1科掌理公庫制度之擬訂審核、解釋事項以及一般秘書業務；2科掌理國庫收入之考核及報告事項；3科掌理國庫支出之考核、報告事項以及中央各機關特種基金之核撥事項，4科掌理中央政府特種基金收入之考核事項；會計室掌理本署經費之歲計會計及統計事項。 
民國31年2月10日國民政府修正公布本署組織法，擴大編制，設有6科2室：1科掌理公庫制度之規劃事項；2科掌理國庫收入之考核事項；3科掌理國庫支出之考核事項；4科掌理地方政府歲出之核計及報告事項；5科掌理特種基金之管理，國有財產收支之考核等事項；6科掌理債款、債券及捐款之考核及報告事項；統計室掌理國庫及縣市庫收支之統計事項；會計室掌理本署經費之歲計會計及國庫之統制會計事項，民國70年7月22日總統公布修正本署組織條例規定設4個業務組及3個行政室（秘書、人事、會計）。 

（一）88年7月1日依行政院核定之臺灣省政府功能業務與組織調整原則，本署承受隨業務移撥原財政廳之省級公務人員，更名為財政部中部辦公室（國庫業務）於原地辦公，下設4科掌理地方公庫之輔導、監督地方重大施政財務計畫之輔導、監督、地方公庫及債務輔導、財政業務之督導查核，基金預算執行之監督查核、基金調度與運用、及菸酒查緝等業務。 
（二）為配合菸酒專賣改制，本署組織條例奉　總統於民國89年4月19日令公布修正，增設1組。依該組織條例規定，本署設5組4室，各組並分科辦事。 
（三）為應93年7月1日行政院金融監督管理委員會成立，有關原由財政部金融局、保險司負責之部分業務移撥由本署接辦： 
1.公益彩券發行管理原由財政部金融局負責，本署負責公益彩券監理委員會會務及盈餘分配運用事宜，為應93年7月1日起行政院金融監督管理委員會成立，有關公益彩券發行管理自93年1月1日起移撥本署第4組辦理。 
2.原由財政部金融局負責辦理之亞洲開發銀行（ADB）、中美洲銀行（CABEI）、歐洲復興開發銀行（EBRD）及美洲開發銀行（IDB）等4家國際金融組織業務，依照93年7月22日行政院「研商國際金融組織業務分工事宜」會議決議，移由財政部自行辦理，亞洲開發銀行與中美洲銀行之副理事維持由財政部次長擔任。本署與金管會依上開決議於93年9月30日辦理業務移交，相關業務由本署第3組接辦。 
3.自93年5月20日起，有關公股金融機構之管理由本署兼辦，「財政部公股股權管理小組設置要點」經行政院核定後，自94年3月1日起即展開該小組之運作。另為統一事權，將公股股權管理事務自96年1月1日起納入現有組織內，由第2組接管，且為平衡各業務組規模，將原第2組第1科掌理之歲入、預算、調度等，人隨業務移撥第1組接管。 
4.為應中部辦公室員額出缺不補，以集中人力辦理菸酒查緝與消費者保護及地方建設基金等業務，自96年8月1日起將現有4個科整併為3個科並調整各科職掌與人員之配置。